Como otros muchos pueblos de Granada, Albuñán empezó a crecer como núcleo urbano tras la expulsión de los moriscos en el siglo xvi; a partir de entonces, colonos de diferentes partes de España ocuparon sus tierras. En su origen, Albuñán fue una antigua alquería árabe, en la que vivían familias que se dedicaban al cultivo de cereales. Según las crónicas del Marqués de la Ensenada contaba con un pequeño castillo fortaleza del que en la actualidad no se conservan restos. Tras la Reconquista pasó a depender del Obispado de Guadix.
El lugar fue concedido al Marqués de Villena. A partir de ese momento, fue pasando de titularidad hasta llegar al Marqués de Truxillos. En 1833 el municipio pasó a formar parte de la provincia de Granada.